O organograma da PROAFE está estruturado em quatro Coordenadorias, quais sejam:

• Coordenadoria de Acessibilidade (CAS);
• Coordenadoria de Políticas para Migrantes e para Povos Tradicionais e Originários (CP-POVO);
• Coordenadoria de Políticas de Cotas (CPC);
• Coordenadoria de Políticas Interseccionais para Equidade de Gênero, Raça e Sexualidade (CPIn).